Военная кафедра Морского государственного университета в настоящее время единственная на Дальнем Востоке, которая готовит офицеров, солдат и матросов запаса по военно-учетным специальностям Военно-Морского Флота (ВМФ). Их подготовку обеспечивает коллектив профессорско-преподавательского состава из офицеров запаса, прошедших действительную военную службу на кораблях и в частях Военно-Морского Флота Российской Федерации. Военное обучение проводится на 3-4 курсах и слагается из теоретического и практического курсов в ВУЗе и учебных сборов на кораблях и в частях Тихоокеанского флота (ТОФ). Заканчивается обучение сдачей государственного выпускного экзамена. Курсанты и студенты, успешно прошедшие обучение на кафедре, при выпуске из университета аттестуются на присвоение офицерского звания «лейтенант» или воинского звания «солдат»/«матрос». Выпускники военной кафедры получают вторую специальность и возможность прохождения военной службы по контракту в ВМФ и других видах Вооруженных сил Российской Федерации (ВС РФ).

Военная подготовка на военной кафедре ведется на трёх циклах на добровольной основе после заключения курсантами и студентами договора о военном обучении:
Цикл № 1: «Эксплуатация и ремонт энергетических установок подводных лодок и организация водолазных работ».
Цикл № 2: «Кораблевождения и военных сообщений».
Цикл № 3: «Эксплуатация и ремонт корабельных электроэнергетических систем и средств связи».
Категория слушателей: курсанты, студенты.

Обучение на военной кафедре открывает перед выпускником дополнительные возможности: Выпускники не призываются на военную службу, и по окончанию ВУЗа по своему желанию могут идти работать в гражданские структуры или связать свою жизнь с Вооруженными Силами РФ, другими силовыми структурами.